ИЗУЧЕНИЕ ГЕНОМА АБК-УТИЛИЗИРУЮЩИХ РИЗОСФЕРНЫХ БАКТЕРИЙ RHODOCOCCUS SP. P1Y И NOVOSPHINGOBIUM SP. P6W

Тарас Ермеккалиев

doi:10.37238/1680-0761.2021.83(3).21

Тарас Ермеккалиев Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования “Казанский (Приволжский) федеральный университет”

DOI: https://doi.org/10.37238/1680-0761.2021.83(3).21

Ключевые слова: ризобактерии, геном, штамм, клонирование, экспрессия, ВКСМ, Novosphingobium, Rhodococcus, PGPR, ACC, NCBI

Аннотация

Данная статья посвящена механизму микробного катаболизма. С использованием селективной питательной среды, из ризосферы риса (Oryza sativa) было выделено два бактериальных штамма, отнесенных к Rhodococcus sp. P1Y и Novosphingobium sp. P6W. Штаммы депонированы в Ведомственной коллекции полезных микроорганизмов сельскохозяйственного назначения (ВКСМ). Геномный последовательность была получена с использованием подхода, объединяющего данные последовательности Oxford Nanopore Technologies MinION и Illumina MiSeq. Было проведено секвенирование тотатльной ДНК двух исследованных штаммов. Полученный геном P6W состоит из 6556287 пар нуклеотидов и включает 6009 генов, кодирующих белки, и 54 некодирующих гена РНК. Результаты представлены на сайте NCBI. Геном Rhodococcus sp. P1Y состоит из 6722294 пар нуклеотидов и включает 6411 генов, кодирующих белки, и 65 генов рибосомальной, транспортной и некодирующей РНК. Полученные результаты позволили провести функциональную аннотацию основных генов, необходимых для дальнейшего транскриптомного анализа АБК-деструкторов. Уровень идентичности геномов P6W и ближайшего штамма N. barchaimii LL02 по ANI-тесту составил 90-90,9%. Результат указывает на то, что штамм P6W является новым видом рода Novosphingobium. Видов, тесно связанных со штаммом Rhodococcus P1Y, обнаружено не было. Идентичность геномов ближайших видов не превышает 77% (Rhodococcus kyotonensis).